La comparazione tra Microsoft Windows e Linux (due sistemi operativi) è diventata un argomento comune di discussione tra i loro utenti. Windows è uno dei sistemi operativi rilasciati sotto End User License Agreement (EULA), ovvero è software proprietario, mentre Linux è rilasciato sotto licenza GPL ed è software libero. I due sistemi operativi competono sia per utenza nel mercato dei personal computer che nel mercato dei server e vengono usati in uffici governativi, scuole, case, server internet ed intranet, supercomputer e sistemi embedded. Oltre a Windows e Linux esistono inoltre altri sistemi operativi, sia liberi che proprietari.
Storicamente Windows ha dominato il mercato dei personal computer a partire dagli anni ottanta, mentre Linux ha una fetta di mercato oscillante tra 50 e 80% nei web server, render farm e supercomputer. Questi due SO differiscono per la filosofia di fondo, per il costo, per la facilità d'uso, la versatilità e la stabilità. Gli sviluppatori dei due prodotti cercano continuamente di migliorare, soprattutto nei propri punti deboli. Questa comparazione tenderà ad analizzare dalle origini la storica "guerra" per ottenere più utenza e le modalità di distribuzione dei due sistemi.
Tipicamente, i punti deboli più citati per i due sistemi operativi sono la poca stabilità di Windows e la minor quantità di software disponibile per Linux. In entrambi i campi comunque la situazione è migliorata con il passare del tempo. Il maggior punto di forza di Linux è il fatto di rispettare le libertà principali di un utente: libertà di eseguire il software, di studiarlo, di modificarlo e di ridistribuirlo apportando o meno modifiche. Grazie al suo modello di sviluppo collaborativo, spesso tramite Internet, Linux ha raggiunto un alto livello di configurazione aderendo agli standard ISO e IEEE. Al contrario, i punti di forza di Windows sono quello di avere la massima fetta di mercato (più del 90%) e di aver creato standard de facto per mezzo dei suoi prodotti.
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